1、根據果園樹齡套種，幼齡果園因果樹尚未封行，可在行間套種1-3年收獲的地黃、黃芩、菊花、黃芪、牛膝、板藍根、草決明、白術、柴胡等喜光的中藥材。成齡果園則應選擇喜陰或耐陰的中藥材套種。
2、根據果樹樹冠套種，樹冠及樹葉較稠密的果樹，如桃樹、櫻桃樹、杏樹、葡萄樹、柿樹等，可在行間套種半夏、黃精、靈芝、黃連等喜陰濕的中藥材。樹冠較稀疏的果樹，如蘋果樹、梨樹、山楂樹等則可在行間套種丹參、百合、天門冬等稍耐陰濕的中藥材。
3、根據果園類型套種，旱地果園可在行間套種耐旱中藥材，如柴胡、黃岑、黃芪、知母等。水澆地果園可在行間套種較喜濕、不耐寒的元胡、白芨、附子、北沙參等。山區果園可在行間套種喜濕、怕熱的黃連、黨參、重樓、西洋參等。