備手冊：接到新訂單后，首先要計算出這批訂單所需進口資財（Material List），按照損耗計算出實際的定購量，將各類資財分類合并（按照材質相同，單價相近的原則），最后整理出來的進出口重量差額要控制在10% 以內（行業不同，損耗不同）。

網上預錄入：第1步完成后，在海關的加工貿易網里面將此手冊下的內容一一錄入。

手冊審核：第2步完成后，可以直接打印出加工貿易業務批準證申請表，進口料件/出口成品備案清單，成品對應料件單耗情況和其它申請資料一并帶齊交于海關待批準。

進口：一般一周后，我們就可以拿到海關批準的加工貿易備案手冊（有一個新的手冊號，進料加工類以C開頭），這時這本手冊就生效了，我們可以按照手冊來進口了。進口后，要及時將進口報關單追回，退回來的有兩聯，白色的為進口付匯專用聯，紅色的為進料加工專用，白色的要轉給財務申報稅務和進口付匯，紅色妥善保存以備核銷。

出口： 生產完后，對應的成品出口。注意：第4，5 步中只能在手冊備案的數量內進口/如數出口，但不能超額。

手冊核銷：此手冊項下的出口完成后，待所有的進出口報關單收齊，就可以申請手冊的核銷了。準備好手冊，進出口報關單和手冊核銷情況說明，交回海關核銷科待核銷即可。若損耗在10% 以內，一般都可以順利核銷，超過10% 海關會要求超出部分按照進口資財中單價最高的來補進口增值稅和進口關稅。

核銷后，此手冊執行完畢。