目前，印尼已建有100多個工業區，有些與自由貿易區相結合，形成了保稅區。印尼現有10多個保稅區，貨物由印尼海關領域以外的地區進入保稅區，不視為進口，也無須繳納關稅或其他出口稅；供加工或再出口等用途進口的各種原料或成品可自由進入保稅區，不受印尼國內禁止進口規定的限制；由印尼或印尼以外地區輸往保稅區的商品或原料，不論其用途是供直接消費，還是在保稅區內加工或暫時儲存，其在印尼國內的貨物稅、增值稅、關稅及其他稅收皆可免征；保稅區內加工的產品，原則上以外銷為主；凡經印尼政府核準在保稅區內設立的企業，皆可享受進口關稅、進口貨物稅、扣繳稅及國內貨物稅等各項稅收的減免優惠待遇。另外，企業以合并或股票上市的方式擴大規模，仍可享受減免資本貨物及原料或輔料增值稅的退稅待遇。如果資本貨物的產權被轉讓或用于其它用途，則不能享受該項免稅或退稅待遇。