企業辦理加工貿易合同備案前需要報商務主管部門審批合同，領取“加工貿易業務批準證”和“加工貿易企業經營狀況和生產能力證明”；需要領取其他許可證件的還要向有關主管部門申領許可證件。然后進入海關合同備案的程序，其步驟為：

(1)將合同相關內容預錄入與主管海關聯網的計算機。

(2)由海關審核確定是否準予備案。準予備案的，由海關確定是否需要開設加工貿易銀行保證金臺賬。

(3)需辦理開設臺賬手續的，應向銀行(中國銀行、工商銀行)辦理臺賬保證金專用賬戶設立手續。已設立臺賬保證金專用賬戶的企業，憑“海關注冊登記證明”向銀行進行一次性備案登記。

銀行與海關目前采用臺賬電子化聯網管理模式。企業在預錄入端收到回執后，直接憑銀行簽發的電子“銀行保證金臺賬登記通知單”向海關辦理加工貿易備案手續，無須再往返于海關與銀行之間傳遞單證，有關單證的電子數據均實現網上傳輸。

(4)不需要開設臺賬的，直接向海關領取加工貿易手冊或其他備案憑證。