1、保稅物流中心與境外之間的進出貨物報關

(1)應向物流中心主管海關辦理相關手續

(2)物流中心與境外之間進出的貨物，不實行進出口配額、許可證件管理

(3)從境外進入物流中心內的貨物，凡屬于規定存放貨物范圍內的貨物予以保稅

(4)屬于物流中心企業進口自用的辦公用品、交通運輸工具、生活消費品等以及保稅物流中心開展綜合物流服務所需進口的機器、裝卸設備、管理設備等，按照進口貨物的有關規定和稅收政策辦理相關手續。(不能免稅)

2、物流中心與境內之間的進出貨物報關

(1)出中心

①出中心進入關境內其他地區視同進口。按照貨物進入境內的實際流向和實際狀態填制進口貨物報關單，辦理進口報關手續。

②出中心運往境外填制出口貨物報關單，辦理出口報關手續。

(2)入中心

※貨物從境內進入物流中心視同出口，辦理出口報關手續。如需繳納出口關稅的，應當按照規定納稅；屬許可證件管理的商品，還應當向海關出具有效的出口許可證件。

※從境內運入保稅物流中心的原進口貨物，境內發貨人應當向海關辦理出口報關手續，經主管海關驗放；已經繳納的關稅和進口環節海關代征稅，不予退還。

※從境內運入物流中心已辦結報關手續的貨物，或者從境內運入物流中心供中心內企業自用的國產設備以及轉關出口貨物，海關簽發出口退稅報關單證明聯。

※從境內運入物流中心的下列貨物，海關不簽發出口退稅報關單證明聯：

①供中心企業自用的生活消費品、交通運輸工具

②供中心企業自用的各種進口設備

③特殊監管區域之間往來的貨物。