中華人民共和國國家出入境檢驗檢疫局組建于1998年3月，系根據國務院機構改革方案，由原國家進出口商品檢驗局、原農業部動植 物檢疫局和原衛生部衛生檢疫局合并組建而成，為副部級政府部門。2001年4月經國務院決定國家質量技術監督局與國家出入境檢驗檢疫局合并，組建中華人民共和國國家質量監督檢驗檢疫總局（正部級，簡稱國家質檢總局）。 但出入境檢驗檢疫局作為相對獨立的機構其職能并沒有改變。

出入境檢驗檢疫局是主管出入境衛生檢疫、動植物檢疫、商品檢驗、鑒定、認證和監督管理的行政執法機構，主要職責是：

（一）研究擬定有關出入境衛生檢疫、動植物檢疫及進出口商品 檢驗法律、法規和政策規定的實施細則、辦法及工作規程，督促檢查 出入境檢驗檢疫機構貫徹執行。

（二）組織實施出入境檢驗檢疫、鑒定和監督管理；負責國家實 行進口許可制度的民用商品入境驗證管理；組織進出口商品檢驗檢疫 的前期監督和后續管理。

（三）組織實施出入境衛生檢疫、傳染病監測和衛生監督；組織 實施出入境動植物檢疫和監督管理；負責進出口食品衛生、質量的檢 驗、監督和管理工作。

（四）組織實施進出口商品法定檢驗；組織管理進出口商品鑒定 和外商投資財產鑒定；審查批準法定檢驗商品的免驗和組織辦理復驗。

（五）組織對進出口食品及其生產單位的衛生注冊登記及對外注 冊管理；管理出入境檢驗檢疫標志、進口安全質量許可、出口質量許 可并負責監督檢查；管理和組織實施與進出口有關的質量認證認可工 作。

（六）負責涉外檢驗檢疫和鑒定機構（含中外合資、合作的檢驗、 鑒定機構）的審核認可并依法進行監督。

（七）負責商品普惠制原產地證和一般原產地證的簽證管理。

（八）負責管理出入境檢驗檢疫業務的統計工作和國外疫情的收 集和分析，提供信息指導和咨詢。

（九）擬定出入境檢驗檢疫科技發展規劃；組織有關科研和技術 引進工作；收集和提供檢驗檢疫技術情報。

（十）垂直管理出入境檢驗檢疫機構。

（十一）開展有關出入境檢驗檢疫方面的國際合作與技術交流， 按規定承擔技術性貿易壁壘和檢疫協議的實施工作，執行有關協議。

（十二）承辦國務院及海關總署交辦的其他事項。